マークの場名をクリックすると別ウィンドウで現代地図より舞台背景をご覧いただけます

　安森源次兵衛（やすもりげんじべえ）は将軍家から預かった名刀庚申丸（こうしんまる）を土左衛門伝吉（どざえもんでんきち）に盗まれ、申し訳に切腹（せっぷく）、御家はお取り潰しとなります。息子は家出してお坊吉三（おぼうきちさ）と呼ばれる盗賊に、娘は身売りして吉原丁子屋（よしわらちょうじや）の遊女になります。

　庚申丸は、伝吉が盗む際に吠えかかる孕み犬（はらみいぬ：みごもっている犬）を斬ったはずみで川に落ち、やがて道具屋・木屋文蔵（きやぶんぞう）の手に渡ります。これを海老名軍蔵（えびなぐんぞう）が百両で買いますが、研屋与九兵衛（とぎやよくべえ）に庚申丸を預けて横死（おうし：不慮の死）してしまいます。軍蔵に百両を貸していた金貸しの太郎右衛門（たろうえもん）は、その代価にと与九兵衛から庚申丸を奪うのでした。
　一方、木屋の手代・十三郎（てだい・じゅうざぶろう）は、使いの帰りに夜鷹・一歳（よたか・ひととせ）の客となり、百両を忘れていきます。十三郎は主人への申し訳なさから身投げしようとしますが、伝吉に止められ、一歳は伝吉の娘のおとせで、金はおとせが持っていることがわかります。

　おとせは百両を十三郎に返そうと探すうち、女装の盗賊・お嬢吉三（おじょうきちさ）に金を奪われ、川へ落とされます。太郎右衛門はその百両を取ろうとして、逆に庚申丸を奪われます。それを目撃したお坊吉三は、お嬢吉三に金をよこせと迫り、ふたりが争うところへ、元坊主の悪党・和尚吉三（おしょうきちさ）が仲裁に入ります。同名の3人の盗賊は意気投合して義兄弟（ぎきょうだい）の盃（さかずき）を交わし、百両は兄貴分の和尚吉三が預かります。

　お坊吉三の妹で丁子屋の一重（ひとえ）は、木屋文蔵こと文里（ぶんり）に惚れられているものの振り続けています。お坊はならず者にゆすられますが、文里がその窮地を救います。一重は文里の情けの深さにほだされて小指を切り、ついには自害しようとしますが、文里は一重が源次兵衛の娘と知り、庚申丸を取り戻して御家再興の力になることを約束します。

　おとせは八百屋久兵衛（きゅうべえ）に救われ、父・伝吉のもとに送られます。伝吉は久兵衛の話から、十三郎が生まれてすぐに自分が捨てた子で、おとせの双子の兄であることを知ります。かつて孕み犬を殺した報いで、双子が近親相姦におちたことを悟り、伝吉は過去の罪業（ざいごう）の深さにおののきます。伝吉の息子の和尚は川端で得た百両を与えようと訪ねてきますが断られます。父の懺悔（ざんげ）を立ち聞き、仏壇にそっとその金を置いていったのを伝吉が不正な金と投げ返したところ、通りがかった釜屋武兵衛（かまやぶへえ）が持ち去ります。

　文里は一重にいれあげたうえ、庚申丸代百両の紛失が原因となって没落します。文里と別れることを条件に百両を融通しようという武兵衛の申し入れを、一重が断ります。
　一部始終を聞いていたお坊は、文里のために武兵衛から百両を奪いますが、同じく文里のために百両を奪おうとした伝吉を殺してしまいます。そこへおとせと十三郎が来かかり、お坊吉三の落とした吉の字菱（きちのじびし）の目貫（めぬき：刀を柄に固定するための飾り金具）を拾います。

　数々の悪事が露顕（ろけん）し、ついに3人の吉三に手配が廻ります。和尚吉三は改心して、吉祥院（きちじょういん）に隠れ住んでおり、仲間の首を差し出すよう捕手（とりて）に命じられます。おとせと十三郎が伝吉の死を知らせに訪れ、和尚吉三は証拠の目貫によって下手人（げしゅにん）を悟ります。しかし和尚吉三は、近親相姦に堕（お）ちたふたりを不憫（ふびん）と思い、さらにお嬢吉三とお坊吉三の身替り首にするため、おとせと十三郎を殺します。お坊吉三とお嬢吉三は、自分たちの悪事の被害者が和尚の肉親であったことを知り、自害しようとしますが、和尚吉三は庚申丸を盗んだ伝吉を殺したのは、親の敵討（かたきうち）であると告げ、ふたりを止めます。お嬢吉三が大川端で手に入れた刀が庚申丸であることがわかり、お坊吉三は安森家に急ぎます。お嬢吉三は文里が必要とする百両を、久兵衛に届けに向かいます。

　捕手に届けた首が偽物（にせもの）と知れて和尚吉三は捕らえられ、お嬢吉三とお坊吉三を捕えるために江戸中の木戸が閉められます。降りしきる雪の中、お嬢吉三とお坊吉三は木戸越しに再会し、櫓（やぐら）の太鼓を叩いて木戸を開け、和尚吉三を逃がします。そこに来かかったお嬢吉三の実父・八百屋久兵衛は、和尚吉三の弟・十三郎の育ての親でもあることから、百両を文里に届け、庚申丸をお坊吉三の弟に渡すことを請け合います。思い残すことのない3人は覚悟を決め、三つ巴（みつどもえ）に差し違えるのでした。

注釈：ここでは、国立劇場第227回歌舞伎公演をもとに、「あらすじ」を紹介しています。 台本は、『黙阿弥全集』第3巻に収録されています。初演は、一重が子どもを産んだのちに亡くなる「根岸丁子屋別荘（ねぎしちょうじやべっそう）の場」も上演されました。